引起腹瀉的病因比較復雜，有細菌、病毒、寄生蟲等，一些化學藥品也會引起腹瀉。大腸埃希桿菌腸炎應注意以下疾病的鑒別。

1、細菌性痢疾由志賀菌引起，腹瀉常見于膿血或粘液狀，量少，內急后重，寒熱多。糞便鏡檢查可以發(fā)現(xiàn)大量的膿細胞、紅細胞和吞噬細胞。嬰幼兒中毒型腹瀉或非典型腹瀉應通過病原學診斷進行鑒別。

2、霍亂弧菌感染后，發(fā)生劇烈腹瀉后嘔吐，惡心少，嘔吐物和腹瀉大便呈米泗水樣，量多，無急后重，少數(shù)患者有少量血便。脫水重者經(jīng)常引起肌肉痛性痙攣，皮膚皺紋凹陷，體表溫度低于正常，鏡檢可發(fā)現(xiàn)運動活躍的弧菌，應進一步進行細菌培養(yǎng)鑒別。

3、副溶血弧菌性食物中毒，由副溶血性弧菌引起，主要是吃被該細菌污染的食物(多與海產(chǎn)品有關)，疾病急劇發(fā)生，首先以寒冷、陣發(fā)性腹痛(上腹部絞痛)開始，相繼嘔吐腹瀉，水樣方便或血樣方便

4、沙門菌食物中毒進食是由鼠傷寒沙門菌污染食物引起的。發(fā)病急，經(jīng)常伴有寒熱、腹痛、膨脹、惡心、嘔吐、腹瀉，呈水樣，有惡臭，早期出現(xiàn)菌血癥，餐者集體發(fā)病較多。依靠病原學、血清學診斷鑒別。

5、病毒性腹瀉，由腸道病毒感染引起的腹瀉，其特點是傳染性高。輪狀病毒、小圓病毒等感染早期有嘔吐，相繼腹瀉，多呈水樣便并有黏液，多發(fā)生在秋冬季。其他病毒性腹瀉多見于夏秋季，有惡心嘔吐，除消化道癥狀外，常有呼吸道癥狀，咽炎，并發(fā)輕癱，常累及頸肌、背肌。周歲內小兒多見有綠色水樣便或蛋花樣水便?？股刂委熞话銦o效，病程多在5~7天內自愈。用血清學和病毒分離進一步鑒別。

6、空腸彎曲菌性腸炎空腸彎曲菌輕癥與病毒性腸炎類似，重癥與潰瘍性腸炎或克羅恩病類似。有發(fā)熱、腹瀉水樣或粘液樣，有惡臭，呈膽汁色，重癥有膿血便，菌痢多在一周內恢復。兒童患者常有腹絞痛，高熱時可發(fā)生痙攣。發(fā)病多與家禽、家畜或飲用未消毒的牛奶、生水有關。暗視野鏡檢查發(fā)現(xiàn)射箭樣活力的彎曲菌，細菌培養(yǎng)進一步診斷。

7、耶爾森菌腸炎 多見于兒童發(fā)病，與食物、水污染有關。腹痛、腹瀉、低熱、呈水樣便，可有敗血癥，可并發(fā)結節(jié)性紅斑、假性闌尾炎、關節(jié)炎。細菌培養(yǎng)可以進一步鑒別。

8、其他應注意與賈第鞭毛蟲、阿米巴痢疾引起的腹瀉鑒別，糞便鏡檢查可發(fā)現(xiàn)阿米巴原蟲或賈第鞭毛蟲。