胰腺假性囊腫須與胰腺膿腫和急性胰腺蜂窩織炎鑒別。伴隨膿腫的病人常有感染表現(xiàn)。偶爾，假性囊腫可表現(xiàn)為體重下降、黃疸和觸及無痛性腫大的膽囊，常首先考慮為胰腺癌。CT掃描顯示病變?yōu)橐盒?，提示為胰腺囊腫可做出正確診斷。增生性囊腫，還有胰腺囊腺瘤或囊腺癌，約占胰腺囊性病變的5%，術(shù)前應(yīng)與胰腺假性囊腫鑒別。其確切的鑒別診斷主要依靠術(shù)中的肉眼觀察和活檢來確定。
有時，特別是無明顯胰腺炎或胰腺外傷史時，除應(yīng)與真性囊腫及腹部其他囊腫、實性腫塊鑒別外，還應(yīng)與胰腺膿腫相鑒別。胰腺膿腫常伴高熱、全身中毒癥狀及白細(xì)胞升高，囊液革蘭染色及培養(yǎng)有助于診斷，若為膿性囊液，則診斷明確。