肛瘺并不會自行消失，由于瘺管的存在，肛瘺會出現(xiàn)反復的腫痛以及流膿癥狀，所以并不會自愈，更加不會自行消失。有些肛瘺患者處于發(fā)作間歇期時，沒有任何的癥狀，肛門周圍外口也會出現(xiàn)愈合，患者會自認為肛瘺已經(jīng)自行消失，完全痊愈。但由于直腸內(nèi)有肛瘺內(nèi)口，細菌等感染物質(zhì)會通過內(nèi)口進入肛瘺，而導致急性發(fā)作癥狀，出現(xiàn)瘺管內(nèi)感染、腫痛以及積膿，此時已經(jīng)愈合的肛瘺外口，會再次出現(xiàn)破潰，導致流膿癥狀，類似癥狀會反復發(fā)作，最終都需要通過手術(shù)治療，才能完全治愈。