基孔肯雅熱多數(shù)患者可完全康復(fù)，部分患者可能出現(xiàn)關(guān)節(jié)疼痛、疲勞等持續(xù)數(shù)月至數(shù)年的后遺癥，嚴重者可能遺留慢性關(guān)節(jié)炎。

約半數(shù)患者康復(fù)后出現(xiàn)持續(xù)性關(guān)節(jié)疼痛或僵硬，可能與病毒誘發(fā)自身免疫反應(yīng)有關(guān)，可遵醫(yī)囑使用塞來昔布、雙氯芬酸鈉等非甾體抗炎藥緩解癥狀。

部分患者康復(fù)期存在長期疲勞綜合征，表現(xiàn)為體力下降和認知功能減退，建議通過漸進式運動康復(fù)及營養(yǎng)支持改善。

少數(shù)重癥患者可能出現(xiàn)周圍神經(jīng)炎或腦炎后遺癥，需神經(jīng)內(nèi)科隨訪，必要時使用加巴噴丁等神經(jīng)病理性疼痛治療藥物。

個別患者遺留皮膚色素沉著或脫屑，通常無須特殊治療，日常需加強防曬護理。

康復(fù)期應(yīng)保證優(yōu)質(zhì)蛋白和維生素攝入，避免關(guān)節(jié)受涼，若癥狀持續(xù)超過6個月需風濕免疫科評估。