新冠疫情爆發(fā)至今,歷時(shí)已2年,全球確診人數(shù)已超過2.8億,死亡人數(shù)超過540萬。更令人擔(dān)憂的是,新冠病毒已進(jìn)化出多種 “令人擔(dān)憂的變異毒株”,不斷給全球的疫情防控帶來不確定性和新的挑戰(zhàn),特別是最新出現(xiàn)Omicron變異株,正在全球肆虐,引起了新一輪的感染高峰。統(tǒng)計(jì)顯示,目前每天新增感染已近100萬病例,其中80%左右感染者是由Omicron變異株引起。
新冠病毒Omicron變異株的突變位點(diǎn)數(shù)量明顯多于近2年流行的所有新冠病毒變異株,尤其在病毒刺突蛋白突變就多達(dá)37處。目前,有關(guān)這些突變?nèi)绾斡绊慜micron變異株的感染性以及導(dǎo)致免疫逃逸機(jī)制都不清楚。而近期的研究顯示,目前針對(duì)新冠病毒超過80%的中和抗體對(duì)Omicron變異株無效,或效力顯著降低,因此深入理解Omicron變異株的傳播和感染的分子機(jī)制,并開發(fā)針對(duì)Omicron變異株的特異性治療抗體迫在眉睫。
圖1 Omicron突變株新冠病毒刺突蛋白結(jié)合受體ACE2的結(jié)構(gòu)。A展示結(jié)構(gòu)整理構(gòu)象,B為RBD結(jié)合ACE2的相互作用界面,C為RBD二聚體的相互作用界面。
中科院上海藥物研究所徐華強(qiáng)和尹萬超團(tuán)隊(duì)緊急攻關(guān),在不到一個(gè)月的時(shí)間內(nèi)迅速解析Omicron變異株刺突蛋白以及結(jié)合人源受體ACE2的高分辨率冷凍電鏡結(jié)構(gòu)(圖1A和1B)。生化水平結(jié)合顯示,Omicron變異株刺突蛋白的受體結(jié)合區(qū)域(receptor-binding domain,RBD)結(jié)合受體ACE2相對(duì)于野生型有顯著的增強(qiáng),大概提高了近10倍;熱動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)顯示,Omicron變異株的RBD高度靈活,而且不穩(wěn)定,使得刺突蛋白更容易從閉合構(gòu)象向開放構(gòu)象轉(zhuǎn)換;同時(shí),我們從解析的結(jié)構(gòu)了觀察到了Omicron變異株刺突蛋白三聚體內(nèi)相鄰RBD特異的相互作用,形成的RBD二聚體(圖1C),可以穩(wěn)定Omicron變異株的刺突蛋白特定的RBD處于開放的狀態(tài),這些Omicron變異株刺突蛋白R(shí)BD的不穩(wěn)定性和及其相互作用,使得更容易Omicron變異株刺突蛋白與受體ACE2相互作用,從原子水平解釋了Omicron變異株傳染性增強(qiáng)的問題。同時(shí),我們解析的結(jié)構(gòu)顯示Omicron變異株刺突蛋白的大部分突變位點(diǎn)都位于蛋白表面,包括多個(gè)抗原表位,這從結(jié)構(gòu)上解釋了Omicron變異株可以抵抗大部分中和抗體的分子機(jī)制。在此工作基礎(chǔ)上,中科院上海藥物所徐華強(qiáng)和尹萬超團(tuán)隊(duì)聯(lián)合濟(jì)民可信鄧俗俊團(tuán)隊(duì),攻克了Omicron變異株刺突蛋白與特異性治療抗體JMB2002的結(jié)構(gòu)(圖2A-D)。該抗體已完成了一期臨床試驗(yàn),具有較強(qiáng)的治療效果和較高的安全性。生化水平結(jié)合實(shí)驗(yàn)顯示,該抗體對(duì)Omicron變異株刺突蛋白的結(jié)合力是對(duì)野生型的4倍,顯示出強(qiáng)大的抑制Omicron變異株的潛力。從解析獲得的復(fù)合物結(jié)構(gòu)中,我們發(fā)現(xiàn)JMB2002抗體片段以一種新的構(gòu)象結(jié)合在RBD的受體結(jié)合基序的背部,是新型作用機(jī)制的抗體(圖2E)。結(jié)合生化和抗病毒中和實(shí)驗(yàn),我們闡述了抗體JMB2002具有廣譜抗新冠病毒的分子機(jī)制。本研究中的冷凍電鏡數(shù)據(jù)在上海高峰人才冷凍電鏡平臺(tái)收集。該工作獲得了包括上海市人才高峰計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金委、國家衛(wèi)健委重大科技專項(xiàng)、國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究計(jì)劃和上海市重大科技專項(xiàng)等經(jīng)費(fèi)的資助。
圖2 Omicron突變株新冠病毒刺突蛋白結(jié)合抗體JMB2002的結(jié)構(gòu)。A展示JMB2002抗體片段分別與Omicron突變株和野生型新冠病毒刺突蛋白的結(jié)合,B展示JMB2002抗體分別對(duì)Omicron突變株和野生型的抑制,C為Omicron突變株新冠病毒刺突蛋白結(jié)合抗體JMB2002的結(jié)構(gòu),D為結(jié)合JMB2002抗體片段RBD的結(jié)構(gòu)比較,E為抗新冠病毒中和抗體的分類,JMB2002抗體為新型抗體,被歸為第五類。