基孔肯雅熱病毒在有機溶劑中的存活時間通常較短，實際存活時長受到溶劑類型、病毒濃度、環(huán)境溫度、接觸時間等多種因素的影響。

不同有機溶劑對病毒包膜的破壞能力差異顯著，乙醇、異丙醇等醇類溶劑可使病毒迅速失活，而部分非極性溶劑可能延長病毒存活時間。

高濃度病毒懸液在有機溶劑中可能形成聚集態(tài)，外層病毒對內核病毒產生保護作用，導致部分病毒存活時間延長。

低溫環(huán)境會減緩有機溶劑對病毒結構的破壞速率，4℃條件下病毒存活時間可能比室溫條件下延長數倍。

病毒與有機溶劑的接觸時間直接影響滅活效果，實驗顯示75%乙醇溶液需作用1分鐘以上才能完全滅活基孔肯雅病毒。

實驗室處理病毒污染材料時應選擇適宜濃度的消毒劑，并保證足夠作用時間，日常防護推薦使用含醇類手消毒劑進行快速消毒。